适合人群
生物学、基础医学和组学研究者，以及需要复核轻量表达数据的用户
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生物与组学 · OpenScience 真实对话 · GPT-5.6-sol
功能富集：基因列表、背景集与多重校正
用虚构基因与教学通路演示输入质控、背景集定义、超几何检验、BH校正和富集条形图。
1 轮原生对话500基因背景集明确数据库与背景边界
开始前准备
准备已经整理的小型数据表或表达矩阵、样本分组、实验批次和必要的质量控制说明。网页版不适合直接处理 FASTQ、单细胞或空间组学原始数据。
你将获得
- 1 轮原生对话
- 500基因背景集
- 明确数据库与背景边界
- 7 项可查看的项目文件
方法与边界
案例只覆盖轻量整理后数据，原始测序、大规模单细胞和空间组学应连接自己的计算服务器。
原生会话与文件
直接查看真实使用场景
保留原始用户提问和 Agent 完整回复；公开版本仅移除内部路径、连接信息、凭据、隐藏推理与计费数据。
真实对话｜生物与组学｜功能富集：基因列表、背景集与多重校正
AI 研伴（OpenScience） · gpt-5.6-sol
用户
请用完全虚构的500基因背景集、60个候选基因和一套教学通路注释，真实演示一次过度富集分析。检查输入ID与重复项，说明为什么背景集不能默认使用全基因组，计算超几何检验并做Benjamini-Hochberg校正，输出排名结果和条形图。交付synthetic_gene_results.csv、synthetic_pathway_annotations.csv、enrichment_results.csv、enrichment_barplot.png、enrichment_report_zh.html、run_enrichment.py和validation.txt。请明确教学通路不是真实GO/KEGG结果，正式研究必须记录物种、数据库版本和背景基因定义。
AI 研伴（OpenScience） · gpt-5.6-sol
已完成并验证可复现的合成过度富集分析。
交付文件：
run_enrichment.pysynthetic_gene_results.csvsynthetic_pathway_annotations.csvenrichment_results.csvenrichment_barplot.pngenrichment_report_zh.htmlvalidation.txt
关键结果：500 个背景基因、60 个 QC 后候选基因、12 条教学通路；3 条通路在 BH FDR ≤ 0.05 下显著。原始候选输入含 1 个重复 ID 和 1 个背景外 ID，均已记录并正确处理。
所有统计值已重新计算核对，超几何检验和 BH 校正误差为 0；脚本重复运行结果一致。报告明确说明教学通路不是真实 GO/KEGG 结果，并要求正式研究记录物种、数据库版本和背景基因定义。
工具执行细节已脱敏；交付文件保留在右侧。
1 轮原生对话
500基因背景集
明确数据库与背景边界
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常见问题
使用这个案例前，你可能想了解
“功能富集：基因列表、背景集与多重校正”适合哪些用户？
生物学、基础医学和组学研究者，以及需要复核轻量表达数据的用户
复制案例前需要准备什么？
准备已经整理的小型数据表或表达矩阵、样本分组、实验批次和必要的质量控制说明。网页版不适合直接处理 FASTQ、单细胞或空间组学原始数据。
可以把案例结果直接用于论文或决策吗？
不建议直接照搬。案例只覆盖轻量整理后数据，原始测序、大规模单细胞和空间组学应连接自己的计算服务器。复制案例后，应使用自己的数据重新运行并逐项核验。
这个案例会占用很多计算资源吗？
不会。公开案例按网页版轻量分析设计；大型原始数据、深度学习、单细胞、空间组学或医学影像任务，建议通过远程计算功能连接自己的服务器。